Війна з фашистською Німеччиною 1941 р. перервала мирну працю колективу інституту. 22 червня на центральній площі біля головного навчального корпусу (корпус № 1) відбувся мітинг студентів, викладачів, робітників і службовців, які заявляли про своє бажання стати на захист рідної Батьківщини. "Я добре вивчив кулемет, – сказав на мітингу студент-випускник Д.І. Дункан, – прошу послати мене добровольцем, готовий все життя до останнього подиху віддати за Батьківщину". Його пропозицію підтримали студенти-випускники Є.З. Дишлюк, В.В. Задорожній, Ю.Д. Котик, М.І. Моцар, В.С. Мартиновський, А.К. Найда, І.О. Скрипка, О.Д. Хоменко та багато інших. На мітингу багатьом випускникам вручили дипломи. Серед них був і Ю.Д. Котик, який пройшов з боями всі дороги війни. Після мітингу випускники разом з викладачами пішли до Уманського військового комісаріату і попросили направити їх у діючу армію.

Серед перших добровольців відправилися на фронт Д.І. Дункан, М.С. Головко, А.Р. Бережний, Г.Т. Атамась, С.Г. Махортов. Разом зі студентами вже в перші дні війни вирушили на фронт викладачі - офіцери резерву: професор М.І. Лопатін, доценти І.І. Білоус, С.А. Самцевич, В.І. Торговець, викладачі С.Н. Беззубенко, М.І. Бондаренко, В.В. Ковальов, асистенти М.Н. Корзунецький, П.М. Федченко, директор навчального господарства І.П. Головченко, агроном І.К. Сукач, механік А.М. Семіз, бухгалтер інституту О.Д. Худяков та ін.

У липні 1941 р. приміщення інституту були відведені під евакогоспіталь, комісаром якого було призначено директора інституту Д.М. Гавриша. Студентки Н.Д. Гуменюк, Н.Д. Гуцалюк, М.А. Кучевська, Г.А. Сокур, М.Я. Лісовенко, О.М. Хоменко та інші стали медсестрами і санітарками. Пізніше багато з них влилися в діючу армію.

11 липня 1941 р. Уманський райвійськкомат створив із студентів старших курсів команду, яка під керівництвом доцента кафедри суспільних наук В.В. Розенберга і декана плодоовочевого факультету П.Л. Іванченка відправилася на південь до м. Нікополь для формування військових частин. Друга група студентів відправилася на підготовчі курси командного складу армії. А через тиждень, 18 липня 1941 р., у військові частини влилися всі інші викладачі і співробітники інституту. Із решти робітників і службовців, що не були призвані в діючу армію, створювався винищувальний загін для боротьби з десантниками, закинутими ворогом у тил наших військ для диверсійної роботи. Ряд співробітників і студентів разом з майном і обладнанням інституту були евакуйовані до Луганська, а звідти до Ашхабаду, де продовжували навчатися.

Велику роботу виконав колектив бібліотеки інституту під керівництвом завідуючої В.І. Пашиної. За активної участі асистента кафедри ботаніки В.С. Горячової і лаборантки З.М. Ковальчук, бухгалтера М.І. Латюка та співробітника інституту механіка М.І. Коцюбинського вони зібрали найцінніші фундаментальні видання бібліотеки і заховали їх в одному з підвальних приміщень, відгородивши глухою цегляною стіною. Незважаючи на те, що на території інституту розміщувалися німецькі військові з'єднання, заховані книги повністю збереглися. І коли 10 березня 1944 р. було звільнено м. Умань від окупантів, вони стали основним джерелом друкованої літератури при навчанні студентів.

У ніч з 30 липня на 1 серпня 1941 р. м. Умань було захоплено німецькими військами. Територія інституту й навчального господарства була заповнена солдатами й технікою вермахту. Розпочалися пограбування і нівечення інститутського обладнання, приміщень, садів, ферм та інших цінностей. За два з половиною роки окупації Умані співробітники і студенти інституту, які залишилися на окупованій території, зазнали важких випробувань. Фашисти замордували викладача інституту В.Ф. Селецького, студента-випускника Ю.П. Штовбонька, 15-річну Любу Носову, яка працювала на дослідній станції інституту.

Студенти, викладачі, наукові співробітники, робітники і службовці інституту, що залишилися у ворожому тилу, не сиділи склавши руки. Деякі з них (А.Т. Вольський, С.О. Тугчієнко, Л.Т Рябова) брали участь у підпільній роботі, допомагали партизанам. Професор М.М. Шкварук, доцент І.П. Жабикін, садівник Л.О. Казаринов доклали багато зусиль, щоб зберегти від пограбування і руйнування оранжерею інституту, де фашисти збиралися організувати майстерню з ремонту мотоциклів.

З тих викладачів і студентів інституту, які зі зброєю в руках билися з ворогом на всіх фронтах, більш як 80 віддали своє життя, відстоюючи незалежність Вітчизни. Не повернулися з війни студенти П.Я. Бондаренко, М.М. Берман, С.М. Весельков, Д.І. Дункан, П.А. Дуб, С.А. Дудник, І.Ф. Задорожний, В.Є. Жмурченко, І.К. Корчинський, Ї.Т. Куценко, М.А. Лобанов, С.М. Мельник, МІ. Моцар, М.А. Мокляк, М.З. Морозовський, П.К. Найда, Г.Н. Нікітін, Б.П. Ткачук, Є.І. Юзвак, В.С. Щербина, Г.А. Ямковий та багато ін.

В останній день грудня 1943 р. в районі станції Знам'янка ворожий артилерійський снаряд обірвав життя колишнього студента інституту, командира 932-го стрілецького полку майора Ю.К. Глібка. Юрій Глібко брав участь у боях на Калінінському, Донецькому, Степовому і Другому Українському фронтах. За успішне здійснення переправи і створення плацдарму на правому березі Дніпра йому було присвоєно звання Героя Радянського Союзу.

Німецько-фашистські загарбники завдали великої шкоди матеріально-технічній базі інституту: були спалені головний навчальний корпус, житлові будинки і квартири професорсько-викладацького складу, студентські гуртожитки, лікарня і поліклініка, пограбовано лабораторне обладнання кафедр, вивезено понад 5 тис. примірників унікальних книг з бібліотеки, знищено дослідні ділянки і колекційні розсадники, вирубано гібридний і помологічний сади, пограбовано навчально-дослідне господарство, вивезено продуктивну та робочу худобу і птицю, сільськогосподарські машини. Загальні збитки, завдані окупацією інститутському господарству, становили понад 10 млн. крб.

Будинок лікарні та поліклініки (Вавілова, 4)
Професорський будинок
Головний корпус

10 березня 1944 р. зусиллями військ Другого Українського фронту м. Умань було звільнено від німецької окупації. Спустошені пожежею вулиці і майдани міста, згарища будинків інститутського містечка залишили після себе втікаючі німецькі війська. Замість білокам'яних будівель головного навчального корпусу і житлових приміщень стояли задимлені голі стіни, а замість вікон і дверей зяяли пусті отвори – все перетворилося на купу руїн. У тяжкому стані опинилося навчально-дослідне господарство: не було тракторів, коней і с.-г. машин для обробітку ґрунту, насіння, садивного матеріалу, щоб засіяти поля. Співробітники інституту разом з населенням міста вже в перші дні після звільнення інститутського містечка розпочали відновлювальні роботи на його території.

12 березня 1944 р. доцент І.І. Білоус, який керував відновлювальними роботами, доповів керівництву міста і району про стан інститутського господарства і можливості його відновлення. Після обговорення запропонованого плану 15 березня було прийнято рішення про початок роботи Уманського СГІ.

Значну допомогу в ліквідації наслідків окупації надали інституту і навчальному господарству інтендантські частини Другого Українського фронту. З їх допомогою було засіяно поля, посаджено городні культури, проведено обробіток ґрунту в садах, що вціліли.

До 1 травня фактично були підготовлені всі наявні аудиторії і лабораторії, майже завершено комплектування кафедр професорсько-викладацьким складом, проведено реєстрацію прибулих для навчання студентів агрономічного і плодоовочевого факультетів від 2-го до 4-го курсів, складено розклад занять та оголошено набір студентів на 1-ий курс і слухачів підготовчого відділення.

Наказом директора інституту від 8 травня 1944 р. початок навчання призначався на 9 травня цього ж року. На 1 вересня 1944 р. в інституті було укомплектовано 20 кафедр, у складі яких працювало 5 професорів.

А вже восени 1944 р. відбувся 1-й післявоєнний випуск спеціалістів с.-г. виробництва. Інститут успішно закінчили 13 осіб, у тому числі 7 агрономів-рільників і 6 агрономів-плодоовочівників.

У вересні 1944 р. виповнилося 100 років з дня заснування Головного училища садівництва в Одесі, на базі якого виник і розвинувся УСГІ. Однак святкування ювілею вузу відкладалося на пізніший період.

На той час було зроблено лише перші кроки у відновленні діяльності навчального закладу, проте передбачалося ще багато зробити, щоб повністю відродити навчальну і наукову базу, яка б цілком відповідала вимогам часу і змогла забезпечувати підготовку повноцінних фахівців для потреб сільського господарства країни.

Джерело: сайт УНаУСу